2001年9月，根据浙江省人民政府
《关于设立杭州良渚遗址管理区的批复》(浙政函[2001]205号)和杭州市机构编制委员会有关文件精神，设立杭州良渚遗址管理区。杭州良渚遗址管理区在杭州市的领导下，由余杭区负责管理，其范围为良渚、瓶窑两镇，区域面积242平方公里，并成立杭州良渚遗址管理区管理委员会，增挂浙江省杭州良渚遗址管理局牌子，为正区级单位。2008年，余杭区委对良管委管理体制和运行机制进行适度改革，其主要职责为文物管理、规划建设、学术研究及文化产业发展。
2016年12月，余杭区委区政府提出进一步完善杭州良渚遗址管理区工作机制，建立良渚遗址申遗和良渚文化国家公园建设领导小组，下设工作指挥部，与良渚遗址管委会合署办公，实行实体化运作。
